Институт был создан 6 февраля 1959 года решением Государственного Комитета по  химии  Совета Министров СССР в г.Чирчике Узбекской ССР, как филиал Московского Государственного института  азотной  промышленности  СССР (Чирчикский филиал ГИАП).
    Чирчикский филиал ГИАП был создан с целью  обеспечения объектов строительства азотно-туковых заводов Средней Азии проектно-сметной документацией и авторским надзором для оказания технической помощи по нормализации действующих  производств этих заводов, для внедрения научных разработок и новых видов удобрений.
    С   1960   года   являлся   генеральной   проектной   организацией    азотно-туковых заводов Средней Азии:
       ПО «Навоиазот»; 
       ПО «Электрохимпром»;
       Ферганский завод азотных удобрений;
       Вахшский азотно-туковый завод;
       Туркменский завод азотных удобрений.
    После приобретения независимости Республики Узбекистан в 1992 году Чирчикский филиал ГИАП был переименован в Узбекский научно-исследовательский и проектный институт химической промышленности  "УзНИИХимпроект» (УзКСИТЛИ).
    В 1998 году «УзНИИХимпроект» переименован в Чирчикский филиал «УзНИИХимпроект» с созданием в г.Ташкенте головного института «УзНИИХимпроект».
    В 2000 году институт «УзНИИХимпроект» г.Ташкент и Чирчикский филиал «УзНИИХимпроект» были объединены с образованием единого проектнотехнологического института «УзНИИХимпроект» в г.Чирчике (Государственный дочерний  проектно-технологический институт «Узкимёсаноатлойиха»).
    В 2002 Государственный дочерний проектно-технологический институт «Узкимёсаноатлойиха» преобразован в открытое акционерное общество (ОАО) и далее в 2014 году ОАО «Узкимёсаноатлойиха» преобразовано в АО «Узкимёсаноатлойиха».